In 1944 sloeg de situatie echter om. De geallieerden probeerden de Duitsers via precisiebombardementen onder druk te zetten. Ook Mechelen deelde in de klappen. In Open Luik van 1963-1964 vertelde Marie-Jeanne Van den Berghe hoe zij als leerling tijdens de lessen geregeld de crypte als schuilkelder diende te gebruiken. “Op 1 mei waarop de school na een onderbreking van enkele weken hervatte, vluchtten we bij ieder alarm in de crypte: we stonden zeer dicht bijeen. In zulke momenten voel je elkaar aan zonder spreken; mijn vriendin Jacqueline was zeer angstig.” Jacqueline was de dochter van aannemer Van Meerbeeck uit de Groenstraat. Omdat hij zijn kelder extra verstevigd had, kwamen veel buurtbewoners graag bij hen schuilen. Ook bij het bombardement van die nacht waren er weer tientallen mensen verzameld. De hele wijk kreeg het hard te verduren: de Onze-Lieve-Vrouw-over-de-Dijle-kerk brandde bijna volledig uit en één van de bommen kwam in de Groenstraat terecht. Tweeëndertig mensen vonden de dood. Jacqueline was één van hen … “Wie zou gedacht hebben dat zij nog diezelfde nacht in eigen woning een slachtoffer zou worden! Waarom zij en wij niet? …”, betreurde Marie-Jeanne.
Vijf bommen troffen de school, zodat er ook hier aanzienlijke materiële schade was. De overdekte galerij van de beroepsschool werd vernield, de lagere school werd zwaar getroffen. Daarom werden alle lessen opgeschort. De religieuzen namen hun toevlucht in Onze-Lieve-Vrouw-Waver. Pas in september kon de school heropend worden, maar ondertussen kwamen de leerlingen tweemaal per week met hun leraressen samen in de Hoogstraat en in geïmproviseerde lokalen die door mensen vrijwillig ter beschikking werden gesteld. Kort daarop begonnen de herstellingswerken: de gaanderij werd echter niet terug opgebouwd en de lindebomen van de speelplaats verdwenen definitief.
Deze donkere periode uit de wereldgeschiedenis wordt op onze school niet vergeten. Via allerhande projecten rond herinneringseducatie worden de leerlingen bewust gemaakt van de gruwelen van de oorlog. Dit schooljaar reizen leerlingen van onze derde en vierde graad naar Auschwitz. Enkele jaren geleden interviewde een groepje vijfdejaars de betreurde verzetsstrijder Louis Vivijs, (groot)vader van enkele (oud)leerlingen en overlevende van de concentratiekampen. Dit gesprek werd weergegeven in het boek ‘De Laatste Getuigen’.